Emile Bertaux (1869-1917) est nommé en 1902 maître de conférences en histoire de l'art moderne puis en 1904 professeur d'histoire de l'art de la Faculté des Lettres de l'Université de Lyon. D'abord agrégé de lettres classiques en 1891 à l'Ecole Normale supérieure, il est ensuite l'élève d'Eugène Müntz, historien de l'art, à Paris avant de partir en Italie à l'Ecole française de Rome en 1893. Il voyage alors beaucoup en Italie jusqu'en 1897. Durant ses voyages en Calabre, dans les Abruzzes, en Campanie, dans les Pouilles ou encore en Lucanie, il prend de nombreux clichés qui composent ce fonds. Il y réalise également des aquarelles et de nombreux croquis.
Il soutient sa thèse de doctorat L'Art dans l'Italie méridionale. De la fin de l'Empire romain à la conquête de Charles d'Anjou en 1903 à la Faculté des Lettres de la Sorbonne. L'année suivant sa nomination comme professeur de la Faculté des Lettres de l'Université de Lyon est aussi celle de sa nomination à la direction du Musée des Beaux-Arts de Lyon. En 1909, il devient directeur d'étude de la section d'histoire de l'art à l'Institut français de Florence. Il est par la suite nommé en 1912 conservateur du musée Jacquemart-André à Paris et rédacteur en chef de la Gazette des Beaux-Arts en 1913. La même année, il est chargé des cours d'histoire de l'art chrétien au Moyen-Âge à la Sorbonne.
Durant la Première Guerre mondiale, il est mobilisé comme interprète puis comme pilote d'avion avant de succomber des suites de maladie à Paris, le 8 janvier 1917. Ses recherches et enseignements portent sur l'histoire de l'art médiéval, les peintures, sculptures et architectures italiennes et espagnoles du Moyen-Âge, l'art flamand, italien, espagnol et portugais à la Renaissance. Son sujet d'étude principal, l'art de l'Italie méridionale, se pose comme un jalon historiographique de l'étude de l'art médiéval. Sa thèse contient de nombreuses photographies et croquis qu'il réalise lui-même lors de ses voyages, pratique peu courante à cette époque.

Le fonds est donné à la Faculté des Lettres de l'Université de Lyon en 1917 par la Marquise Arconati-Visonti après achat de sa part auprès de Madame Jeanne Louise Marie Laroumet, épouse d'Emile Bertaux la même année. Le don est mentionné dans un procès-verbal de délibérations du Conseil de l'Université du 13 juillet 1917, conservé aux Archives du département du Rhône et de la métropole de Lyon (cote 1T275). Une correspondance datée du 30 juin 1917 entre Léon Clédat, doyen de la Faculté des Lettres de l'Université de Lyon, et la Marquise Arconati-Visonti, alors propriétaire du fonds, conservé par la Bibliothèque interuniversitaire de la Sorbonne (cote MSVC 266 F. 785) atteste qu'aucun autre document juridique ou administratif n'a été produite au moment du don. 
Henri Focillon (1881-1943), détenteur de la chaire d'histoire de l'art de l'Université de Lyon de 1913 à 1924, coordonne la gestion de ce don. Un premier inventaire très sommaire conservé à la Bibliothèque interuniversitaire de la Sorbonne (cote MSVC 300 F. 8650-8653), sûrement rédigé par Henri Focillon, permet d'appréhender l'importance matériel du don initial. La bibliothèque Bertaux-Duseigneur est créée par la Faculté des Lettres de l'Université de Lyon et conserve ce fonds, qui incluait à l'origine également la bibliothèque d'Emile Bertaux. Une première opération de classement, menée par Henri Focillon, semble avoir lieu lors de l'entrée de ce fonds à la Faculté. Il apparait que le fonds reste ensuite dans la bibliothèque Bertaux-Duseigneur, bibliothèque d'histoire de l'art de la Faculté des Lettres de l'Université de Lyon. Aucune documentation précise permet de savoir quelles opérations de classement ou de tri ont été effectuées sur le fonds durant cette période.
En 1968, une partie non documentée des archives d'Emile Bertaux est envoyée à l'Ecole française de Rome dans le cadre du projet de réédition de sa thèse. Il semble que ces documents soient essentiellement des croquis, des tirages photographiques et des carnets de notes. Le projet de réédition abouti en 1978. D'après une correspondance se trouvant dans les archives privées de Dominique Bertin, maître de conférences en histoire de l'art à l'Université Lumière Lyon 2 en 1995, les documents n'ont pas été retournés. Daniel Ternois affirme cependant le contraire dans le catalogue de l'exposition monographique sur Emile Bertaux organisée par l'Institut d'Histoire de l'Art de l'Université Lyon II en 1984. A l'occasion de cette exposition, Daniel Ternois, maître de conférences en histoire de l'art moderne à l'Université Lumière Lyon 2 de 1962 à 1986 et Gilles Chomer, alors au CNRS ainsi que quatre étudiants de l'Institut d'Histoire de l'Art Lyon II, mènent des opérations à nouveau non documentées sur le fonds.
Dans les années 1990-2000, la bibliothèque Bertaux-Duseigneur n'existe plus. L'ensemble des éléments du don initial de 1917 sont dispersés. Ce qui advient du fonds d'archives d'Emile Bertaux est incertain jusqu'à son arrivée dans les locaux du Laboratoire de Recherche Historique Rhône-Alpes (LARHRA) probablement dès sa création en 2003. En 2007, Benoît Berger et Jérôme Bouchet, alors étudiants, réalisent un inventaire de ce fonds. En février 2024, le fonds est transféré dans les magasins d'archives du Pôle Archives de l'Université Lumière Lyon 2. En 2025, il est reconditionné, décrit et reclassé en vue du don de l'Université Lumière Lyon 2 vers les Archives du département du Rhône et de la métropole de Lyon.
Pour ce qui est des ouvrages donnés à la Faculté en même temps que le fonds d'archives : certains livres estampillés de la bibliothèque Bertaux-Duseigneur ont été versés dans la collection du Service Commun de la Documentation (SCD) de l'Université Lumière Lyon 2 ainsi que dans la bibliothèque Service Commun de la Documentation (SCD) de l'Ecole normale supérieure de Lyon. Il est en l'état impossible de savoir s'il s'agissait d'ouvrages issus du don ou non.
L'inventaire conservé à la Bibliothèque interuniversitaire de la Sorbonne (cote MSVC 300 F. 8650-8653) évoque de nombreux tirages photographiques d'architecture et de tableaux issus de campagnes d'Emile Bertaux en Espagne et au Portugal, sans plus de détails. Il semble qu'au moins une partie de ces tirages se trouvent dans le fonds actuel. Il est possible qu'une autre partie ait été utilisée comme supports pédagogiques, et ait ainsi été enrichie par les différents successeurs d'Emile Bertaux à l'enseignement d'histoire de l'art moderne de l'Université Lumière Lyon 2. Cette partie précitée constitue aujourd'hui la photothèque du Musée des Moulages de l'Université Lumière Lyon 2. Cette photothèque est composée de tirages et reproductions contrecollés sur carton, de cartes postales et de négatifs sur plaques de verre. D'autres négatifs sur plaque de verre ont été données au Musée Nicephore Niépce (Chalon-sur-Saône) dans les années 1980-2000. Ces derniers étant issus de la bibliothèque Bertaux-Duseigneur, il est également possible que parmi ces négatifs se trouvent certains réalisés par Emile Bertaux.

Don de l'Université Lumière Lyon 2 au Département du Rhône, 2025.

Ce fonds d'archives est composé des archives de recherche et d'enseignement d'Emile Bertaux. Il contient de nombreuses notes de cours et de conférences manuscrites et tapuscrites, de documents bibliographiques, de carnets de notes et de croquis, de cartes de visites, de cartes postales, de correspondances, de croquis et gravures, de calques, de très nombreuses photographies sur papier, contrecollées sur carton, des négatifs sur plaques de verre ainsi que des négatifs sur gélatine, des croquis, des aquarelles, des extraits de publications ainsi que quelques documents datant des années 1980 dont le dossier de l'exposition ayant eu lieu en 1984 sur Emile Bertaux. Tous les tirages, sauf le premier de la cote 452J153 et ceux de la cote 452J155 sont en noir et blanc. Ainsi, dans le répertoire, sauf mention du contraire, ils sont tous en noir et blanc.
Les documents de ce fonds s'étendent sur une chronologie allant de 1869 au milieu des années 1980. Ils concernent l'Europe et majoritairement la France, l'Italie et l'Espagne. 
Le fonds est probablement en partie lacunaire : certains documents envoyés à d'Ecole Française de Rome à la fin des années 1960 n'ont peut-être pas été restitués ; le Musée des Moulages de l'Université de Lyon conserve également des tirages photographiques d'Emile Bertaux au sein d'un fonds de planches de cours ; des plaques de verres ont été envoyées au Musée Nicéphore Niepce (Chalon-sur-Saône) ; des documents ressemblant à des fantômes semblent indiquer que des extractions ont eu lieu dans le fonds sans que les documents ne soit systématiquement restitués. Ces extractions ont sûrement eu lieu lors de l'exposition de 1984. 
Le fonds Emile Bertaux connaît deux accroissements. Le premier concerne les documents de l'exposition de 1984 (cotes 452J130 à 452J153) et le second les documents à propos de la Semaine Lyonnaise de l'université Johann Wolfgang Goethe, Francfort (Allemagne) (cote 452J154 à 452J155).

Ce fonds est librement communicable.