La plus grande partie du fonds fut versée au dépôt d'archives du district en 1791. Mais d'autres documents furent retrouvés en 1915 lors des travaux effectués dans la cathédrale de Lyon : trois coffres contenant une collection de minutes des actes capitulaires, le cartulaire de 1350 (10 G 576), deux tables de l'inventaire Lemoine (10 G 4) et de l'inventaire Gouvilliers (10 G 1 et 2), des actes capitulaires, différentes liasses et la layette de noyer contenant les pièces les plus précieuses du fonds, "l'armoire secrète Jéovah" (10 G 2546).

Le fonds du chapitre primatial Saint-Jean a été classé entre 1765 et 1769 par Pierre-Nicolas Lemoine, feudiste, qui proposa au chapitre un plan de classement respectant, autant que possible, l'inventaire précédent effectué en 1620. Il a maintenu le principe de la répartition des documents en plusieurs armoires ; il avait proposé au chapitre de supprimer les noms bibliques attribués à celles-ci mais le chapitre, conservateur, les maintint. Le cadre de classement du fonds s'organise donc autour de 27 armoires portant chacune le nom d'un prophète de l'Ancien Testament. Ces références, auxquelles de nombreux ouvrages renvoient, apparaissent entre crochets au sein des analyses.

La reliure des documents au début du XXe siècle a eu comme conséquence principale, outre la nécessité de plier les documents de grand format, de ne pas pouvoir ranger les documents traitant d'un même sujet dans des cotes voisines à l'occasion du classement. Cela a donc interdit tout aménagement permettant de suivre l'ordre numérique des cotes, en particulier lors du classement méthodique réalisé par Henri Hours à la fin des années 1950.

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