La plus grande partie du fonds de Saint-Antoine-en-Viennois se trouve aux Archives départementales du Rhône. Si on peut s'étonner de la présence de ce fonds dans le dépôt d'archives alors que Saint-Antoine n'est pas dans l'actuel département du Rhône, il faut avoir recours à une explication historique. Une dizaine d'années avant la Révolution, en 1777, l'ordre de Saint-Antoine fut supprimé et réuni à l'ordre de Malte langue d'Auvergne, dont le chef-lieu était à Lyon. Par suite, la plupart des archives de l'ordre de Saint-Antoine vinrent à Lyon.

Librement communicable. 

Tout le fonds n'est cependant pas conservé dans le Rhône. Plusieurs documents, qui avaient été envoyés dans les préceptoreries locales, ne purent être réintégrés avant la Révolution. Par ailleurs, l'ordre déclinait depuis le XVIe siècle et de nombreuses préceptoreries conservaient leurs propres archives, sans lien avec la maison-mère. Enfin, pendant la première moitié du XIXe siècle, en application du principe de pertinence, de nombreux documents furent extraits de ce fonds pour être adressés aux Archives des différents départements dans lesquels existaient des préceptoreries.

A l'étranger, des documents concernant Saint-Antoine sont conservés au Vatican, aux Archives d'État de Munich, de Würzburg, de Marburg, de Wiesbaden et de Karlsruhe, aux Archives municipales de Memmingen, Francfort et Mayence, aux Archives diocésaines de Limburg-Lahn et à Vienne (Haus-hof und Staatsarchiv).

Archives départementales du Rhône.

48 H 640-641, 644, 648, 650-651, 655, 657, 661-662, 665, 668, 671, 674-676, 679, 682, 686, 689-690, 692, 696 (fonds de l'ordre de Malte).

1 Q 504 (Biens nationaux. Fonds des administrations du Département, des districts et de l'administration préfectorale. Biens de première origine : déclarations et inventaires des biens d'origine ecclésiastique).

2 Q 166 (Biens nationaux. Fonds de l'administration des domaines. Bureau de Lyon. Administration de séquestre des biens).

Archives départementales des Bouches-du-Rhône.

56 H 3331 (préceptorerie de Valréas).

56 H 5237 (préceptorerie d'Annonay).

56 H 5328 (préceptorerie d'Aubenas).

56 H 5331 (préceptorerie d'Avignon).

56 H 5332-5335 (préceptorerie de Bannes).

56 H 5336-5337 (préceptorerie d'Esparron).

56 H 5339-5348 (préceptorerie de Gap et Veynes).

56 H 5353 (préceptorerie de Marseille).

56 H 5354 (préceptorerie de Nîmes).

56 H 5355-5370 (préceptorerie de Pont-en-Royans).

56 H 5371-5381 (préceptorerie de Sisteron).

56 H 5392-5401 (préceptorerie de Sainte-Croix).

56 H 5406 (préceptorerie d'Arles).

56 H 5407 (préceptorerie de Cologne).

Archives départementales de la Charente.

H XLVIII (48) (préceptorerie de Boutiers).

Archives départementales de la Dordogne.

76 H 1 (préceptorerie d'Aubeterre).

Archives départementales du Doubs.

147 H 1-2 (préceptorerie d'Aumônières).

148 H 1-12 (préceptorerie de Besançon).

149 H 1-4 (préceptorerie de Bourbonne).

Archives départementales de la Drôme.

40 H 399-418 (préceptorerie de Pont-en-Royans).

40 H 451-455 (préceptorerie de Sainte-Croix).

40 H 457 (préceptorerie de Pontaix).

Archives départementales de l'Isère.

10 H 1-68 (ordre de Saint-Antoine).

27 H 64-67 (prieuré de Saint-Laurent-de-Grenoble).

27 H 98-115 (préceptorerie de Pont-en-Royans).

Archives départementales de la Meurthe-et-Moselle.

H 1625-1668 (préceptorerie de Pont-à-Mousson).

H 1669-1711 (préceptorerie de Bar-le-Duc).

H 1712-1722 (préceptorerie de Briey).

H 1723-1742 (préceptorerie de Metz).

Archives départementales de la Meuse.

1 H 2-8 (préceptorerie de Bar-le-Duc).

Archives départementales de la Moselle.

H 2612 (préceptorerie de Briey).

H 2613-2631 (préceptorerie de Metz).

Archives départementales du Nord.

163 H 1-4 (préceptorerie de Bailleul).

Archives départementales de la Haute-Saône.

H 1-26 (préceptorerie d'Aumônières).

Archives départementales de la Savoie.

36 H 1 (préceptorerie de Chambéry).

Archives départementales de la Haute-Vienne.

3 H 1006-1069 (1211-1788).

Archives nationales (centre de Paris).

G9 13. 1         Saint-Antoine de Viennois (ordre de). Mémoires et autres pièces relatifs à la demande de réunion à l'Ordre de Malte, 1774-1775.

G9 16. 5         Saint-Lazare (ordre de). Mémoires et autres pièces relatifs à l'union de cet ordre à celui de Saint-Antoine du Viennois, 1766-1772.

M 61-62        Bulles, privilèges, états des commanderies et de leurs biens, mémoires historiques, pièces relatives à la réunion de l'ordre à celui de Malte. XVe-XVIIIe siècles. 

MM 192        Mémoires historiques, XVIIe siècle.

MM 913-915 Dossiers de bulles, lettres patentes, décisions, états de revenus, comptes, correspondance et mémoires sur les projets de réunion de l'ordre [&] de Saint-Antoine-de-Viennois, 1768-1788.

S 4960-4966, *5318-*5324         Commanderie de Saint-Antoine de Troyes (groupant des documents plus généraux sur l'ordre de Saint-Antoine-de-Viennois et sur la Chartreuse de Vauvert). 1246-1768.

S 5258          Chapitre des chanoinesses de Malte érigé dans la maison de Saint-Antoine-de-Viennois. 1611-1791.

S 5269          Réunion de l'Ordre de Saint-Antoine-de-Viennois à l'Ordre de Malte. 1722-1791.

S 5270-5275  Commanderies de l'Ordre de Saint-Antoine-de-Viennois dépendant des grands prieurés d'Aquitaine, d'Auvergne, de Champagne, de Saint-Gilles et Toulouse. 1734-1782.

Bibliothèque municipale de Lyon

Fonds Morin-Pons, n° 368-369 (cartons LXV-LXIX), n° 41 : Vente par Aymar, jean et Antoine d'Urre de différents cens à l'abbaye de Saint-Antoine-en-Viennois, XVe siècle. 

Bibliothèque municipale de Grenoble

Ms 1092  Recueil pour servir à l'histoire du Parlement de Grenoble, p. 432 : Mémoire relatif à la réunion de l'ordre de Saint-Antoine-en-Viennois à l'ordre de Malte.

Ms 1115 Histoire de l'établissement de l'ordre de Saint-Antoine-en-Viennois, XVIIIe siècle.

Ms 1242 Catalogue des médailles et des livres de l'abbaye de Saint-Antoine, 1752

Ms 1494 n° 3      Mémoire pour l'abbé général de Saint-Antoine au sujet de son droit de présider les États de la province et de siéger au Parlement.

Ms 1592  Bulle de Boniface VIII pour l'érection du monastère de Saint-Antoine-en-Viennois en abbaye, la création de chanoines réguliers et leur exemption de la juridiction des évêques (10 juin 1297).

Ms 1593  Privilèges et indulgences accordés à l'abbaye de Saint-Antoine-en-Viennois par les papes.

Ms 1594  Recueil de pièces concernant l'abbaye de Saint-Antoine-en-Viennois.

CHEVALIER Ulysse, Regeste dauphinois ou répertoire chronologique et analytique des documents imprimés et manuscrits relatifs à l'histoire du Dauphiné, des origines chrétiennes à l'année 1349, 1912-1926.

GUIGUE Georges, Cartulaire lyonnais, 2 vol., Lyon, 1885-1893.

KINOSSIAN Yves, L'Abbaye de Saint-Antoine et ses préceptoreries dans les diocèses de Vienne et de Grenoble (XIVe-XVe siècle), thèse de l'École nationale des chartes, 1995.

MISCHLEWSKI Adalbert, Grundzüge der Geschichte des Antoniterordens bis zum des 15. Jahrhunderts, Cologne-Vienne, 1976.

MISCHLEWSKI Adalbert, Les Ordres hospitaliers au Moyen-âge : les chanoines réguliers de Saint-Antoine-en-Viennois, Grenoble, 1995.

VALLIER Gustave, Armorial des Grands-maîtres et des abbés de Saint-Antoine de Viennois, 1881.