Fondé en 1888 par la société civile, constituée de plusieurs personnalités lyonnaises, et les autorités catholiques lyonnaises, Saint-Joseph fut inauguré le 15 novembre 1894. Hôpital très moderne pour la fin du 19e siècle et lieu d'enseignement catholique de la médecine, il était destiné aux patients les plus pauvres et était administré par les sœurs de Saint-Vincent-de-Paul.
 

Le Centre Hospitalier Saint Joseph Saint Luc est né en 2002 de la volonté de réunir, sur un même site, deux hôpitaux : Saint Joseph et Saint Luc, des établissements fondés au 19ème siècle dont l'histoire est intimement liée à celle de Lyon. Hôpital Saint Joseph : situé entre les rues Jaboulay, Pasteur, Professeur Grignard et sur le site actuel de l'Université Lyon 3, il se composait d'un grand bâtiment en forme de « U » avec deux ailes latérales et disposait d'une capacité de 120 lits. Hôpital Saint Luc : Deux médecins lyonnais, Eugène Emery et Jean-Pierre Gallavardin fondèrent l'hôpital homéopathique Saint-Luc. En décembre 1869, ils acquirent un terrain (situé sur le site actuel du Centre Hospitalier) en bordure du Rhône où s'élevait une maison de la danse « Le bal d'Apollon ». L'essentiel de la construction allait s'achever quand la guerre franco-allemande de 1870 éclata. Le bâtiment était alors utilisé comme poste de secours militaire pour les blessés.

L'hôpital Saint-Luc et son église ouvrirent finalement leurs portes en 1875. La médecine homéopathique moderne exerçait alors son activité à la fois dans le domaine des soins et dans celui de l'enseignement. Pour les soins, six médecins assuraient des consultations quotidiennes à l'hôpital. L'enseignement était donné dans deux écoles établies à l'hôpital et à la faculté de médecine Rockefeller et à l'école vétérinaire. L'année 1902 marqua un tournant historique pour Saint-Luc : la chirurgie est créée pour les accidentés du travail compte tenu de l'essor industriel de la région Lyonnaise. Après la Première Guerre mondiale, de nouvelles disciplines apparurent comme la chirurgie infantile, l'urologie et la radiumthérapie.

En 1952 Saint-Luc inaugure son centre des brûlés Saint-Laurent au sein de son établissement. Il s'agit du premier centre de soins des grands brûlés d'Europe. Il fonde également l'association française de recherche pour la thérapie manuelle, l'ancêtre de la kinésithérapie.

La fondation Saint-Joseph est créé en 1973. En 1976 l'hôpital acquiert la Clinique Saint-François d'Assises à la Croix-Rousse, le service d'urgence ouvre en 1984. La fusion de ces deux hôpitaux débute en 1999 avec la pose de la première pierre en présence de Raymond Barre, ancien ministre et maire de Lyon.

Jusqu'en 2019, le fonds de l'établissement était conservé au sein de l'hôpital, au service des archives. 

Un dépôt et un versement aux Archives du département du Rhône et de la métropole de Lyon ont été effectués le 11 avril 2019. L'hôpital Saint-Joseph Saint-Luc est un E.S.P.I.C. (Établissement de Santé Privé d'Intérêt Collectif).  Les archives administratives ont un statut privé et ont été déposées. La partie relative à la délégation de service public (accueil de la population hospitalisée) a fait l'objet d'un dépôt. 

La majorité des documents concerne la population hospitalisée : dossiers médicaux des différents services de l'établissement dont les dossiers du centre des grands brûlés, registres d'entrée, de sortie et de décès. Les archives administratives concernent le personnel, les frais d'hospitalisation et les travaux effectués sur l'établissement mais le fonds reste très lacunaire.

Le fonds est en cours de classement.

Pas d'accroissement prévu, sauf en cas de nouveau dépôt.

Le fonds est classé et coté selon la circulaire de classement des Archives départementales (circulaire AD 98-8 du 18 décembre 1998 sur le classement et la cotation des archives dans les services d'Archives départementales) et selon le cadre de classement des archives hospitalières (arrêté du 11 mars 1968 portant règlement des archives hospitalières).

Un certain nombre de documents sont soumis à des délais de communicabilité restreints qui protègent le secret médical et la vie privée. Le fonds étant en cours de classement, un bordereau de versement détaillé est consultable en pièce jointe et l'accès se fait sur demande préalable.

Les documents peuvent être librement reproduits conformément au règlement de la salle de lecture des Archives du département du Rhône et de la métropole de Lyon et à la législation sur la réutilisation des données publiques.

Voir le bordereau de versement HDEPOT/SJSL en PDF