Les archivistes historiens
Après la mort en fonction de Jean-Prosper Gauthier, son successeur fut Marie-Claude Guigue (1877-1889), ancien élève de l’École des chartes (comme tous ses successeurs), qui avait été archiviste de l’Ain (1873) dont il était originaire, archiviste de la ville de Lyon (1874). Il fut un grand éditeur de textes et on lui doit de nombreuses publications, mais il mourut lui aussi en fonction à l’âge de 57 ans.
Son fils George Guigue (1889-1926) lui succéda et marqua durablement la vie du service ; outre de nombreux travaux historiques, comme son père, il publia plusieurs volumes d’inventaire (série E supplément et 48H). Il dirigea deux déménagements du service : en 1890, les Archives s’installèrent dans le premier bâtiment spécialement construit à leur usage, rue Pierre Corneille, sur le terrain de la nouvelle préfecture. Cette installation offrait 5 kilomètres linéaires de rayonnages… ce qui fut rapidement insuffisant. Aussi, en 1906, Georges Guigue obtint l’installation des Archives dans l’ancien couvent des Carmes déchaussés, de nouveau disponible. La médiocre accessibilité du site – il fallait gravir 237 marches d’escalier depuis la place Saint-Paul – n’effraya pas l’archiviste. Les travaux, confiés à l'architecte départemental Louis Rogniat, durèrent cinq ans (1907-1912) : la chapelle fut détruite, le cloître recouvert d'une verrière pour abriter une salle de classement. C’est également Georges Guigue qui eut la bonne fortune de récupérer plusieurs centaine de documents issus du fonds du chapitre cathédral, qui avaient été cachés au-dessus de la chapelle des Bourbon pendant la Révolution et furent retrouvés lors de travaux en 1915. Il prit sa retraite en 1926 et mourut quelques mois plus tard.
Claude Faure (1926-1941), dauphinois, brillant archiviste et historien, ancien membre de l’École française de Rome, engagea une politique résolue de classement et de publication (séries 3E, 48H, L, V en particulier) ; ses adjoints, Gustave Duhem, Simone de Saint-Exupéry et François Blanchet se consacrèrent à une première mise en ordre des fonds d’Ancien Régime (séries A à E). Mais, affaibli par l’épreuve de la Première guerre mondiale où il avait brillamment servi, il prit sa retraite en 1941 et mourut l’année suivante .